Andrin Hunziker begann seine Laufbahn beim FC Therwil, ehe er in die Basler Nachwuchsabteilung wechselte. In der Saison 2020/21 überzeugte er mit seiner Torquote (12 Spiele, 21 Treffer) in der U18-Auswahl, woraufhin er zu seinen ersten Einsätzen in der Super League kam. In der letzten Saison bestritt er 22 Partien für die U21-Equipe in der Promotion League.