Mickaël Almeida wurde im renommierten Centre de Formation von Olympique Lyonnais gefördert; mit Portugal krönte er sich zum U17-Europameister, ehe er über den FC Sion in der Saison 2018/19 (21 Spiele) erstmals aufs Brügglifeld fand. Nach einem eineinhalbjährigen Abstecher zum damaligen Ligakontrahenten FC Chiasso wechselte Almeida im Februar 2021 wieder zurück zum FC Aarau und wurde vor der darauffolgenden Spielzeit definitiv von den Südtessinern übernommen.