Samuel Krasniqi war nach ersten Erfahrungen beim FC Muhen während mehreren Jahren im Aarauer Nachwuchs ausgebildet worden, ehe er im Januar 2023 in das Kader der 1. Mannschaft aufgenommen wurde. Zugleich absolviert er seine Ausbildung als Kaufmann EFZ auf der Geschäftsstelle des FC Aarau.