Marco Thaler spielte in seinen jungen Jahren gemeinsam mit seinem Zwillingsbruder Luca beim FC Wohlen und wechselte 2009 in die Nachwuchs-Organisation vom Team Aargau. Drei Jahre später gab er sein Debüt im Trikot des FC Baden, wo er sich zum Stammspieler in der 1. Liga mauserte und schliesslich im Hinblick auf die Saison 2014/15 ins FCA-Fanionteam integriert wurde, nachdem er auch in Schweizer Nachwuchsauswahlen debütiert hatte.